預處理雖可大大減輕污垢對膜的污染，但不能*消除，為了消除污垢對膜性能造成危害，必須定期對膜進行清洗。清洗的方法有物理方法和化學方法。

(a) 物理方法

  簡單的物理清洗法是用低壓高速水沖洗。也可用水和空氣聯合沖洗，勸內壓管式膜可以裝置海綿球(或泡沫塑料球)自動清洗系統，擦洗掉膜表面的沉積物。

(b) 化學清洗法

  采用清洗液對膜(反滲透膜)進行清洗。對不同的污染物選用的清洗劑也不同。例如,對沉積的金屬氧氧化物(鐵、錳、銅等氧化物)可拼采用0. 2mol/L檸檬酸胺或4%硫酸氫鈉水溶液清洗。對于鈣的沉積物可用鹽酸(pH=4)或檸檬酸(pH=4)的水溶液洗滌。對于有機物、膠體可用1%酶洗滌劑清洗，也可用鹽酸(pH =2)或檸檬酸( pH=4)清洗。若膜表面污垢很厚，用高濃度的鹽水清洗會收到較好效果。高濃度的電解質能使膠體的相互作用減弱，形成膠團脫離膜表面。對于細菌類和真菌類微生物可用1%甲醛洗滌液或濃度的雙氧水溶液清洗。化學清洗時，清洗液溫度以35℃左右為宜，清洗時間一般為30min，清洗完畢需用清水沖洗干凈，才能恢復正常運行。